Seit 2004 existiert das Haus am Waldsee in freier Trägerschaft. Der Vorstand des Trägervereins verantwortet das Haus gegenüber den Zuwendungsgebern, dem Bezirk Steglitz-Zehlendorf und dem Senat von Berlin. Der Trägerverein bestellt den/die DirektorIn des Hauses am Waldsee.

Der durch seine Satzung auf zwanzig Mitglieder begrenzte Trägerverein wählte in seinem Gründungsjahr 2002 Dr. Kurt Johannson zum ersten Vorsitzenden. Seit 2008 ist Dr. Indina Niggemann Vorsitzende, seit 2016 Kaspar von Erffa, stellvertretender Vorsitzender und Jakob Braeuer Schriftführer. Die Leiterin des Kulturamts Steglitz-Zehlendorf ist satzungsgemäß Mitglied des Trägervereins des Hauses am Waldsee. Seit 2017 ist dies Dr. Brigitte Hausmann.